จากการที่สำนักงานคณะกรรมการอาหารและยาได้มีการปฏิรูปการปฏิบัติงาน โดยได้ปรับเปลี่ยนระบบและวิธีการทำงาน เพื่อลดขั้นตอนการทำงานและอำนวยความสะดวกให้กับผู้ปฏิบัติงาน ผู้ประกอบการ และประชาชน โดยมีการนำเทคโนโลยีสารสนเทศมาประยุกต์ใช้ ศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศจึงมีหน้าที่หลักในการพัฒนาระบบงานด้านเทคโนโลยีสารสนเทศ และจัดอบรมให้ความรู้เบื้องต้นเกี่ยวกับระบบงานให้กับเจ้าหน้าที่สำนักงานคณะกรรมการอาหารและยา และเจ้าหน้าที่สำนักงานสาธารณสุขจังหวัด ทั้ง 76 จังหวัด พร้อมทั้งอำนวยความสะดวกในการจัดหาวัสดุคอมพิวเตอร์ การดูแลรักษาและแก้ไขปัญหาจากการใช้ระบบสารสนเทศ ภายในสำนักงานคณะกรรมการอาหารและยา
