ปัจจุบันกองควบคุมเครื่องมือแพทย์อยู่ภายใต้สำนักงานคณะกรรมการอาหารและยา มีหน้าที่ในการควบคุมและกำกับดูแลการประกอบการเกี่ยวกับเครื่องมือแพทย์ เพื่อให้มีประสิทธิภาพและความปลอดภัยต่อผู้บริโภค โดยประชาชน, บุคคลทั่วไป หรือนิติบุคคล (บริษัท) ที่ต้องการประกอบกิจการเกี่ยวกับเครื่องมือแพทย์ หรือกิจกรรมอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องกับเครื่องมือแพทย์ จะต้องติดต่อกับสำนักงานคณะกรรมการอาหารและยา เพื่อปฏิบัติตามระเบียบและข้อบังคับต่าง ๆ ตามที่กำหนดไว้ในพระราชบัญญัติเครื่องมือแพทย์ พ.ศ. 2551 และที่แก้ไขเพิ่มเติมโดยพระราชบัญญัติเครื่องมือแพทย์ (ฉบับที่ 2 ) พ.ศ. 2562 สำหรับบริการต่าง ๆ มีดังนี้
